touma y tsuchimikado investigan una serie se desapariciones y reapariciones en ciudad academia, esto los conduce a transportarse a través de un agujero negro a un mundo paralelo, con la ayuda de rito y su harem al igual que accelerator y hamazura tendrán que lidiar con la organización causante de esto y cerrar los agujeros negros,

Continuación del one shot de "toaru yami no accelerator" despues de los eventos sucedidos en inglaterra en new testament, coudad academia queda fuera de servicio, y donde accelerator no tenía donde quedarse, yomikawa aiho le consigue un lugar en la ciudad sainan gracias a una amiga suya, la casa yuki, ¿que pasará con accelerator ahora?

Konjiki no yami es una asesina a sueldo, un extraño la contrata para matar a alguien en la tierra, su objetivo se encientra en ciudad academia, al llegar su destino se cruza con el de cierto nivel 5 numero 1

After shutting down the Skill-Out rebellion, Accelerator is dragged by Last Order to the city of Sainan on a vacation trip. In an attempt from Last Order to investigate alien activity, Accelerator gets dragged into a situation where he has to protect the future King of a Galactic Empire. The Greatest Man in the Universe is here... and it sure as hell ain't Rito.