Ubicado un año despues de la 4 Guerra Ninja: Una extraña fuerza proveniente de otro mundo ah desatado el caos en Konoha. El Skullheart ah llegado y condenara las almas de aquellos que se atrevan a interponerse en su camino. Pero aquellas que esten dispuestas a encararle, se veran tentadas en destruir su amenaza para siempre, o sucumbir ante su poder. Una nueva Skullgirl ah llegado

Un Chico nuevo y Extraño a entrado en la misma clase que filia pero quien es este chico y porque atrae la atencion de la mafia medichi, las Garsas Negras, los laboratorios ASG y hasta la misma Skullgirl... (esto pasa antes que el juego).

Oneshot: A girl losing almost everything dear to her endures the hardship of living in the shinobi knowing that she's really dead. That is until she reaches The Village Hidden in the Leaves.